Ha pasado mucho tiempo desde que Gokuh dejó el campeonato y se marchó con Oob para entrenarle. Ahora el muchacho ha progresado bastante y ambos disfrutan de un combate en el palacio de Dios. Sin embargo, la aparición de un antiguo enemigo de éste cambiará las cosas. Pilaf, junto a sus secuaces, llega al palacio y descubre unas Dragon Balls con estrellas negras pintadas. Creyendo que no hay diferencia, convocan al Dragón, pero son descubiertos por Gokuh. Pilaf, viendo que no puede nada contra él, murmura que si fuese de nuevo pequeño le sería más fácil vencerle. El Dragón le oye y concede el deseo. Ahora Gokuh es de nuevo un niño, y eso no es lo peor, puesto que Kaioh Sama le avisa que si no consigue recuperar las bolas (que se han esparcido por todo el universo) antes de un año, la Tierra explotará. Ante tal acontecimiento, Bulma y Gohan preparan una nave para que él, junto a Goten y Trunks partan en la búsqueda. Lo malo es que Pan, también quiere ir y, en un ataque de rabia, hace que la nave despegue dejando a Goten en tierra.

Los tres, ya resignados, deciden comenzar, pero nada más salir se le rompe una pieza a la nave y van a parar a un planeta denominado Imegga. Allí, se la roban y encuentran a un pequeño robot, el cual se traga el Radar del Dragon y lo asume, de tal forma que ambos son uno. Al final tras derrotar a un tirano llamado Don Keer logran recuperarla, la arreglan y prosiguen su camino.
Gracias a Gill, que es como llaman al robot, consiguen dos bolas más en los planetas Moonmars y Kelbo, pero en éste último un personaje desconocido consigue robársela. Parten en su persecución y acaban descubriendo que éste, junto a dos secuaces (Bonpara, Donpara y Sonpara) trabajan para el maestro orador, que quiere resucitar al Dios de la destrucción Loud. Al final el dios despertará pero, aunque el maestro consigue convertir a Pan en muñeca, acaba siendo derrotado. Durante estos acontecimientos aparece un personaje llamado Dr. Myu, que es descendiente de los Tsufurus, antiguos habitantes del planeta Vegeta, y que muestra cierto interés en los Saiyajins para un experimento.

Prosiguiendo el viaje encuentran otra bola en el planeta Luzede y son conducidos por Gill a un planeta donde aparecen millones de copias de él. El planeta es propiedad de su creador, el doctor Myu, el último Tsufuru, que junto a su guardaespaldas Rilld pretende obtener la energía de las Saiyajins para darle vida a su creación: el mutante Baby. Aunque son derrotados por Rilld, no consiguen extraerle la suficiente energía y Baby surge incompleto, siendo derrotado con facilidad. Sin embargo, un trozo suyo poseera a Rilld y otro se escapará poseyendo al Dr. Myu. No tienen demasiados problemas en derrotar a Rilld y, sin poder detener a Myu, prosiguen su búsqueda con un arrepentido Gill. Precisamente éste descubre otra bola y a un chico que resulta ser otra posesión de Baby. Al final acaba dominando a Trunks pero, tras una lucha mental, se deshace de él y continua junto al resto su misión.

Poco antes de que reunan todas las bolas, Baby consigue llegar a la Tierra y posee a Goten y Gohan, los cuales hacen que se introduzca en Vegeta, llamándose ahora Vegeta-Baby. Así, cuando llegan los tres con todas las bolas, es Vegeta-Baby quien destruye a Gill, posee a Trunks y derrota a Gokuh, que va a parar a otra dimensión. Pan se salva porque Boo, que sospechaba lo peor, la guarda en su interior junto a Satan. Satisfecho de su victoria, Vegeta-Baby le pide a las Dragon Balls de las estrellas negras que creen de nuevo el planeta Plant (así es como se llamaba el planeta de los Tsufuru antes de que los Saiyajins le pusieran Vegeta). De este modo aparece el nuevo astro y, como está sin habitantes, decide poblarlo con los humanos, que están poseídos por él.

Mientras tanto, Gokuh ha conseguido escapar de la dimensión en la que había sido encerrado y en el planeta de los Kaiohs descubre que una solución para vencer a Vegeta-Baby, es que le crezca otra vez la cola. De nuevo con cola se traslada al planeta Plant, pero ni transformado en Super Saiyajin 3 consigue hacer nada contra él, siendo derrotado con facilidad. Es entonces cuando medio muerto observa la Tierra y sin quererlo surge el efecto Ohzaru, aunque ahora en un simio con pelo dorado. Como sucedía antes pierde el control y empieza a arrasar con todo. Al final, gracias a Pan se calma pero sufre otra transformación que le lleva al estado Super Saiyajin nivel 4, el cual se caracteriza por una enorme y negra cabellera y pelo rosa que rodea todo el cuerpo. Recuperada la consciencia pone a salvo a Pan y se enfrenta contra Vegeta-Baby, superándolo con creces. Sin embargo, la solución vendrá de manos de Bulma, que ha inventado una máquina con la cual hace que su marido se transforme en Ohzaru, volviendo a cambiar las tornas. Así, tras un estruendoso combate ambos acaban inconscientes en el suelo. En ese momento, en el planeta de los Kaiohs han encontrado una forma de desposeer a la gente. La solución proviene de un agua mágica que se encuentra en el palacio de Dios. Tras conseguirla se la dan al resto de los guerreros, los cuales al volver a la normalidad, deciden prestar su energía a Gokuh, que acaba derrotando de una vez por todas a Baby cuando, tras salir del cuerpo de Vegeta, escapa en un nave.

Todo ha terminado, pero aun queda lo peor. Como se han usado las bolas de nuevo la Tierra se destruirá dentro de dos semanas. Entre Gokuh y Kibi-Shin trasladan a los seres humanos a Plant, pero Piccolo reusa a dejar la Tierra, alegando que ella y él son uno y que si muere se destruirán las bolas de estrellas negras. Lo dejan y la Tierra desaparece, aunque al final, gracias a las Dragon Balls de Namek la harán reaparecer y todo volverá a la normalidad.